顕微鏡の焦点深度（DOF）とは、顕微鏡で観察しようとしている標本のある1点に焦点を合わせたとき、同時に焦点が合う範囲のことを指します。

一般に、顕微鏡の倍率を高くすればするほど、焦点深度は浅くなる傾向があります。

また、光学顕微鏡や原子間力顕微鏡は焦点深度が浅い傾向にあるため、標本を平らにする前処理を行ってから観察しなければならない場合もあります。

「どんな標本を観察したいのか」に合わせて、顕微鏡の種類を変える必要があるのです。