マイクロスコープのメリットの一つに、観察したい対象物の大きさ、高さなどが制限されないということが挙げられます。

たとえば生物顕微鏡や金属顕微鏡は、薄い標本でなければ観察し辛いことが多いですので、標本を見やすいように前処理をすることが必要です。

また、走査型電子顕微鏡はマイクロスコープをはじめとする光学顕微鏡よりも焦点深度が深いのですが、真空中での観察を行わなければならず、標本にも前処理が必要となります。