プレパラートにするには厚みがありすぎるという試料を観察に適した状態にするために、様々な方法があります。
たとえば、カバーガラスで試料を押しつぶすようにして、薄く観察しやすい状態にする「押し潰し法、挫滅法」と呼ばれる方法があります。
この方法を行う前に、試料を軟化させるための薬剤を使う（たとえばタマネギの根先端部を観察する場合には希塩酸で細胞間の結合を弛める、など）こともあります。
押し潰し法が使えない場合は、試料を薄くスライスする方法が使われます。