マイクロスコープの画像の乱れには、「マイクロスコープ自体に振動が伝わっていること」が原因の１つとして考えられます。
電子顕微鏡を使用する場合、周辺の磁場の影響を受けることがあり、たとえば鉄道・道路などの近くで電子顕微鏡を使用した場合、磁性体（電車・自動車など）の移動によって電子線が曲がってしまうため、正確な像が得られないことが考えられます。
この場合は磁場キャンセラーを使って、磁場の変動を抑えるという方法が有効です。