電子顕微鏡は、光学顕微鏡に比べて高い分解能での観察ができるのですが、電子線を試料に安定的に照射するため、真空に保たれた状態で観察をしなければなりません。

そのため真空ポンプを備える必要がありますし、試料にも前処理を施さなければなりません。

また、電子銃を用いて電子線を発生させるため、高電圧をかける必要が出てきます。

そのため、電子顕微鏡は装置自体が大掛かりになりがちです。

しかしながら、走査型電子顕微鏡は小型化が進んでおり、机の上で観察することができるタイプのものも誕生しています。