走査型電子顕微鏡（SEM）での観察中、試料損傷という問題が起こることがあります。

試料に電子線を照射して観察するため 、観察している場所が凹む、あるいは電子線の影響を受けて結晶成長が起きるなどの現象を指し、熱に弱い試料でこの問題が起こりやすいです。

できるだけ加速電圧を下げて観察する、プローブを流れる電流を減らす、試料を低温に保つという方法、さらには長時間にわたり同じ視野を観察することを避ける、必要以上に高倍率にしない、といった工夫が必要となります。