マイクロスコープは光学顕微鏡の一種ですが、顕微鏡には光学顕微鏡を含めて様々な種類があります。

大まかに言うと、光学顕微鏡、レーザー顕微鏡、電子顕微鏡、原子間力顕微鏡にわけることができますが、それぞれの顕微鏡が観察できるもの・できないものがあります。

たとえば、観察の対象とするものの色は、光学顕微鏡やレーザー顕微鏡で観察しなければなりません。

しかし、原子間力顕微鏡を用いると、数千倍～数万倍程度の倍率を得ることができ、これは光学顕微鏡では出せない倍率です。

そのため「観察する対象物・目的」などにあった顕微鏡を選ぶ必要があるのです。