実体顕微鏡は、試料を加工することなくそのままの状態で観察するために開発された顕微鏡で、倍率としては2～30倍程度と低めですが、試料を薄切りなどに加工する必要がありません。
光学顕微鏡・マイクロスコープは倍率を数十倍～数百倍にできること、そしてマイクロスコープと呼ばれるものは、モニターに映し出された画像を観察するタイプのものであり、実体顕微鏡のように「試料を直接見ている感覚」はありません。
観察目的、必要な倍率などに応じて使い分ける必要があります。