蛍光顕微鏡とは、蛍光・燐光現象を観察するためのもので、観察対象がもともと持っている蛍光を観察する場合や、染色をした上で観察する場合があります。

生物学や医学の研究、臨床検査などに用いられるのが蛍光顕微鏡で、光源としてはもともと蛍光性を持つものには超高圧水銀灯やキセノンランプ・紫外線LED、レーザー光などを使って観察することが多いです。

蛍光・燐光現象を観察するために暗室等で使われることが多く、また紫外線LEDランプを使用する場合は、紫外線が人体に与える影響を考えて、紫外線カットフィルタを用いるといった工夫も必要です。