倒立顕微鏡というのは、試料を下側から観察できるようになっており、対物レンズが下側にあること、そして光軸が途中で折り曲げられて接眼レンズに到達することが特徴です。

医学分野や生物学の分野では組織培養を行って観察するときは、培養容器の底を観察する必要があるため、透過型倒立顕微鏡が採用されています。

また、培養容器の厚さは、プレパラートに使われるカバーガラスよりも厚いため、対物レンズは厚い容器の底からでも観察できるよう工夫がされています。