標本を染色するために使われる色素には、「特定の成分と反応しやすい」ものが使われ、この性質によって「ある色素を使うと、特定の組織が見やすくなる」というメリットがあります。

透明骨格標本を作製する際にも、軟骨に含まれる成分と反応しやすいアルシアンブルー、硬骨の成分と反応しやすいアリザリンレッドを用いることで、軟骨や硬骨を目立たせることができるのです。

また、クリスタルバイオレットという色素は、他の薬剤と組み合わせることで細胞壁を紫色に染める性質があり、グラム染色という手法に用いられています。