透明骨格標本は、骨格を観察しやすくするためのものなので、骨格を染色することや、観察の際に邪魔になる軟組織を透明化することなど様々な工夫により作られます。

組織をホルマリンで固定した後に、アルシアンブルーで軟骨を、アリザリンレッドで硬骨を染色するという方法が多く使われます。

また、水酸化ナトリウムや水酸化カリウムを用いて軟組織の透明化が行われることで、生きていたときとほぼ同じ形での、骨格の観察が可能となるのです。